实验室 | 基础医学院医学生物信息学系李婷婷课题组

    北京大学基础医学院主要从事生物医学领域的基础及应用基础研究，拥有雄厚的科学研究综合实力以及一批具备国际先进水平的科研基地和实验技术平台。接下来基础研会将为大家依次介绍基础医学院各大实验室，让大家对学院的科研状况能有更为深入的了解。本期将进行基础医学院医学生物信息学系实验室推送，一起走进李婷婷课题组！

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实验室简介 

北京大学医学生物信息学系李婷婷课题组隶属于北京大学基础医学院，课题组专注于生物大分子凝聚体组成及动态调控的计算解析、蛋白质翻译后修饰调控网络和多组学数据综合性挖掘的生物信息学研究工作，用信息和系统的观点和方法研究生命科学基础问题，探索生命系统机理，并在研究中培养前沿科学复合型人才。课题组实验室位于北京大学医学部校区，在共享北京大学公共计算平台基础上拥有独立的服务器集群和高性能图像处理器，可便捷地开展深度学习、大数据分析和挖掘等研究工作。

实验室主页：http://bioinfo.bjmu.edu.cn/labweb/

让我们先通过一个小视频来了解一下李婷婷课题组吧！

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导师简介

李婷婷，北京大学基础医学院副教授、博士生导师。清华大学生物信息学博士，教育部青年长江学者(2020)，在Genome Biology， Nucleic Acids Research等期刊发表SCI论文47篇。作为课题负责人承担国家重点研发计划蛋白质专项，作为负责人承担国家自然科学基金4项，作为骨干参加973计划等国家级课题3项。担任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员、中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员、中国计算机学会生物信息学专委会委员、生物物理学会生物大分子相分离与相变分会理事。

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研究领域 

1.生物大分子凝聚体组成及动态调控的计算解析

2.生物相分离与相变的计算研究

3.异常相分离与疾病

4.蛋白质翻译后修饰调控网络

5.基于多组学高通量数据的综合性挖掘研究

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实验室团队及培养 

实验室地址：北京大学医学部校内（目前办公室位于行政二号楼）

1.科研队伍

实验室目前有1名博后，7名博士，3名硕士。

2. 培养模式

学生进入实验室后，可分配到1-2个课题。刚进入实验室阶段，新生会由师兄师姐带领熟悉课题，系统性学习代码或者实验技术后，可独立开展课题研究工作。每周三组会汇报课题结果并学习最新前沿文献，组会氛围活跃，实验室成员一起讨论课题中遇到的问题。若课题需要，导师可以联系其它实验室进行学术探讨和课题合作。

3. 实验室氛围

导师关爱学生，在同学课题遇到困难的时候，导师会积极帮助学生解决问题，无论是在课题大方向上还是细节上都会详细指导，帮助学生理清思路，解决问题。此外，实验室同学氛围很好，大家互帮互助，积极讨论课题相关问题，提出诚恳的建议，每个人都能很好的融入到大家庭中。实验室工作时间较为灵活（保证课题进度即可），计算分析工作在线上即可完成，并且为每人提供电脑和高质量服务器计算支持，导师为做实验同学提供良好的配套实验室场地。

实验室会定期进行团建活动，每年会外出春游/秋游，定期组织实验室聚餐。

实验室同学历年屡获各类奖励，如各类奖学金（包括国家奖学金，创新人才奖学金等）以及优秀毕业生称号。 

实验室在相分离计算领域每年都会产出有一定影响力的文章，已毕业的师兄师姐大多从事生信、金融等领域工作。

代表性成果及论文

1.Quantifying the phase separation property of chromatin-associated proteins under physiological conditions using an anti-1,6-hexanediol index. Minglei Shi#,*, Kaiqiang You#, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen*, Michael Q. Zhang* & Tingting Li*. Genome Biology. 2021 Aug 17;22(1):229. 

2. Distinctive Network Topology of Phase-Separated Proteins in Human Interactome. Chunyu Yu#, Yunzhi Lang#, Chao Hou, Ence Yang, Xianwen Ren, Tingting Li*. Journal of Molecular Biology. 2021 Oct 6;167292. 

3.Computational Screening of Biological Phase-separating Proteins.BoyanShen#, Zhaoming Chen#, Chunyu Yu, Taoyu Chen, Minglei Shi and Tingting Li*. Genomics Proteomics Bioinformatics, 2021 Feb 18;S1672-0229(21)00022-X.

4.High-throughput experimental methods for investigating biomolecular condensates. Taoyu Chen, Qi Lei, Minglei Shi, Tingting Li*. Quantitative Biololgy. 2021, Vol. 9 Issue (3) : 255-266. 

5.MloDisDB: a manually curated database of the relations between membraneless organelles and diseases. Chao Hou#, Haotai Xie#, Yang Fu#, Yao Ma# and Tingting Li*. Briefings in Bioinformatics, 2020 Oct 30;bbaa271.

6.Proteome-scale analysis of phase-separated proteins in immunofluorescence images. Chunyu Yu, Boyan Shen, Kaiqiang You, Qi Huang, Minglei Shi, Congying Wu, Yang Chen, Chaolin Zhang and Tingting Li*. Briefings in Bioinformatics, 2020 Sep 2;bbaa187.

7.PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins. Kaiqiang You#, Qi Huang#, Chunyu Yu#, Boyan Shen, Cristoffer Sevilla, Minglei Shi, Henning Hermjakob*, Yang Chen* and Tingting Li*. Nucleic Acids Research, 2020 Jan 8;48(D1):D354-D359.

8. Phosphoproteomics Enables Molecular Subtyping and Nomination of KinaseCandidates for Individual Patients of Diffuse-Type Gastric Cancer. Mengsha Tong#, Chunyu Yu#, Jinwen Shi#, Wenwen Huang#, Sai Ge#, Mingwei Liu, Lei Song, Dongdong Zhan, Xia Xia, Wanlin Liu, Jinwen Feng, Wenhao Shi, Jiafu Ji, Jing Gao, Tieliu Shi, Weimin Zhu, Chen Ding, Yi Wang, Fuchu He*, Lin Shen*, Tingting Li*, and Jun Qin*. iScience 2019 Dec 20;22:44-57.

9.Systematic Characterization and Prediction of Post-Translational Modification Cross-Talk between proteins. Rongting Huang#, Yuanhua Huang#, YubinGuo#, Shangwei Ji, Ming Lu and Tingting Li*. Bioinformatics 2019 Aug 1;35(15):2626-2633.

10.Molecular subtyping of cancer and nomination of kinase candidates for inhibition with phosphoproteomics: reanalysis of CPTAC ovarian cancer. Mengsha Tong#&, Chunyu Yu#, Dongdong Zhan, Ming Zhang, Bei Zhen, Weimin Zhu, Yi Wang, Congying Wu, Fuchu He*, Jun Qin* and Tingting Li*. EBioMedicine 2019 Feb; 40: 305–317.

11.SIRT5 deacylates metabolism-related proteins and attenuates hepatic steatosis in ob/ob mice. Yipeng Du*#, Hao Hu#, Saisi Qu#, Jifeng Wang, Chaoju Hua, Jialing Zhang, Peng Wei, Xiaolong He, Junfeng Hao, Pingsheng Liu, Fuquan Yang, Tingting Li*, Taotao Wei*. EBioMedicine, 2018 Oct;36:347-357. 

12.Co-occurring protein phosphorylation are functionally associated. Ying Li#, Xueya Zhou#, Zichao Zhai, Tingting Li*. PLoS Computational Biology. 2017 May 1;13(5):e1005502. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005502.

13.Quantitative proteome-based systematic identification of SIRT7 substrates. Chaohua Zhang#, Zichao Zhai#, Ming Tang, Zhongyi Cheng, Tingting Li*, Wang Haiying*, Wei-Guo Zhu*. Proteomics. 2017 Jul;17(13-14). 

14.Prediction of protein lysine acylation by integrating primary sequence information with multiple functional features. Yipeng Du#, Zichao Zhai#, Ying Li, Ming Lu, Tanxi Cai, Bo Zhou, Lei Huang, Taotao Wei*, and Tingting Li*. Journal of Proteome Research. 2016 Dec 2;15(12):4234-4244.

15.Pluripotency-associated miR-290/302 family of microRNAs promote the dismantling of naive pluripotency. Kai-Li Gu#, Qiang Zhang#, Ying Yan#, Ting-Ting Li#, Fei-Fei Duan, Jing Hao, Xi-Wen Wang, Ming Shi, Da-Ren Wu, Wen-Ting Guo, and Yangming Wang*. Cell Research. 2016 Mar;26(3):350-66. 

联系方式

     李婷婷

     北京大学基础医学院医学生物信息学系

     Email: [e-mail]

     电话：[phone]

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  图文|李婷婷课题组

编辑|黄之贞

审核|汪雨嘉、张航